Hay varias formas de hacerlo. La primera es cambiar el nombre del ejercicio y de la serie, para ajustarlo a tu necesidades, al fin y al cabo, el código de la factura es:
código del ejercicio + código de la serie + número de factura en esa serie y ese ejercicio.
Si quieres empezar en un número distinto de 1, puedes cambiarlo en Admin > Panel de control > Avanzado.
La otra forma de modificar la numeración es cambiar la función new_codigo de plugins/facturacion_base/model/factura_cliente.php.
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