Parece que la clase Calculator no hace bien el cálculo cuando la empresa tiene recargo de equivalencia, pero el cliente no, en las ventas esta cambiando el total con iva de las líneas, osea aplica el recargo de equivalencia cuando no debería, ya que el cliente no lo tiene.
Ejemplo
Para entregar esta tarea haz un pull request con los cambios en
https://github.com/NeoRazorX/facturascripts
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