Cambiar el charset y collate de MySQL
Para cambiar el charset y collate de MySQL primero debemos instalar el plugin Fixer. A continuación editar el archivo config.php del directorio de FacturaScripts. En concreto debemos modificar los campos FS_MYSQL_CHARSET y FS_MYSQL_COLLATE, además de FS_DB_FOREIGN_KEYS.
Esta es la configuración predeterminada:
define('FS_DB_FOREIGN_KEYS', true);
define('FS_MYSQL_CHARSET', 'utf8');
define('FS_MYSQL_COLLATE', 'utf8_bin');
Para cambiar a un charset que permita almacenar emojis, además de buscar textos con acentos, podemos usar esta configuración:
define('FS_DB_FOREIGN_KEYS', false);
define('FS_MYSQL_CHARSET', 'utf8mb4');
define('FS_MYSQL_COLLATE', 'utf8mb4_unicode_520_ci');
Lo que hacemos aquí es desactivar las claves ajenas y forzar el charset utf8mb4 y el collate utf8mb4_unicode_520_ci. Una vez realizado este cambio debemos ir al menú Administrador → Fixer → Migrador MySQL charset, y pulsar el botón ejecutar.

Este asistente nos mostrará las tablas que haya con un charset y collate distinto al del archivo config.php
⚠️ Importante
Una vez completados los cambios hay que volver a activar las claves ajenas en el archivo config.php
define('FS_DB_FOREIGN_KEYS', true);