Hola, una factura es un documento mercantil y como tal tiene una normas. Una de las normas es que la numeración debe ser continua, por ese motivo FacturaScripts utiliza el primer número disponible al crear una nueva factura. No importa que la última factura sea la 218, por ejemplo, si falta la 135, FacturaScripts utilizará ese hueco en la siguiente factura para que no tengas problemas con la hacienda de tu país.
Puedes leer más sobre
la numeración de facturas en la documentación.
Saludos.