Hola, no es un error de FacturaScripts. Muchos hostings han empezado a añadir ese directorio para almacenar los certificados SSL en el último mes o dos. Lanzamos una actualización el mismo día que nos dimos cuenta.
Debes eliminar estas líneas del archivo base/fs_updater.php (en la línea 122):
foreach ($this->__are_writable($this->__get_all_sub_directories('.')) as $dir) {
$this->core_log->new_error('No se puede escribir sobre el directorio ' . $dir);
}
Una vez actualices, ya no saldrá más.