Añadir botones de marcar todos los permisos de ver, todos los de ver solamente lo suyo, todos los de modificar... Y diferencias las páginas de listados, por ejemplo, añadiendo el mensaje de listado algún icono para que sea sencillo diferenciar.
Aprovechar para hacer los checkbox más grandes con el form-control-lg
Para entregar esta tarea haz un pull request con los cambios en https://github.com/NeoRazorX/facturascripts