Lo que te comentaba Jorge no va desencaminado, pero no es una variable de FacturaScripts (como se desprende de su penúltimo mensaje), sino de PHP que se puede reajustar desde diferentes lugares:
http://www.bufa.es/php-fatal-error-maximum-execution-time/
Este cambio de todos modos, no es algo que deba ser permanente, sino cambiarse de forma puntual para hacer algo concreto que requiera más tiempo, y al terminar re-establecerlo a 30.