Como bien comenta hlopez_105 recuerda hacer las modificaciones en tu propio plugin o cuando haya actualizaciones las perderás.
Lo que quieres hacer va en el footer (función footer() de fs_pdf) que es un método que se llama automáticamente por parte de la librería de pdf cuando se genera una nueva página. Como mucho prueba a jugar con el SetY de:
//Pie de pagina
function Footer() {
//Posicion: a 3 cm del final
$this->SetY(-30);
Puedes jugar también con la parte del controlador en la que se escriben las líneas:
if ($lineas) {
$neto = 0;
for ($i = 0; $i < count($lineas); $i++) {
$neto += $lineas[$i]->pvptotal;
$pdf_doc->neto = $this->ckeckEuro($neto);
$articulo = new articulo();
$art = $articulo->get($lineas[$i]->referencia);
if ($art) {
Esa parte llama al método "row" de fs_pdf que lo que hace es escribir una línea... intenta tocar para que en vez de sacar hasta que llene la página saque el número "X" de líneas que necesitas.
Tocando esas variables podrás conseguir las modificaciones que necesitas.
Un saludo