NO ME DEJA ENTRAR EN EL PROGRAMA PARA PODER HACER...

Venía a comentar lo mismo.... Hará 15 o 20 min que actualicé las 2 instancias de facturascripts que tengo instaladas. Una de las 2 ahora se ha vuelto "inaccesible":

Error 500.

Hola, un error 500 es un error de ejecución en el servidor. Pero no sabemos dónde lo tienes instalado. ¿Está en hosting? ¿En tu PC? ¿Es windows, linux o mac? ¿No funciona ninguna página o solamente la principal?

Puedes entrar al programa, y arriba, en la barra de direcciones del navegador, sustituir donde pone inde.php?page=LOQUESEA por index.php?page=admin_home ¿Funciona esa página?

En mi caso uso hosting, propio, sobre debian. Las 2 instancias juntas. Las 2 funcionaban hace unas horas, a sido a raíz de usar el actualizador que una de ellas "ha petado".

Como dices es un fallo de ejecución del servidor, pero no se ha tocado nada:

2017/11/07 12:35:10 [error] 28975#0: *211 FastCGI sent in stderr: "PHP message: PHP Warning: require_once(plugins/facturacion_base/model/core/agencia_transporte.php): failed to open stream: No such file or directory in /data/nginx/html/xxxxx.xxx/contabilidad/plugins/facturacion_base-master/model/agencia_transporte.php on line 21
PHP message: PHP Fatal error: require_once(): Failed opening required 'plugins/facturacion_base/model/core/agencia_transporte.php' (include_path='.:/usr/share/php:/usr/share/pear') in /data/nginx/html/xxxxx.xxx/contabilidad/plugins/facturacion_base-master/model/agencia_transporte.php on line 21" while reading response header from upstream, client: X.X.X.X, server: xxx.xxxxx.xxx, request: "GET /index.php?page=admin_home HTTP/1.1", upstream: "fastcgi://127.0.0.1:9000", host: "xxx.xxxxx.xxx"

2017/11/07 12:35:11 [error] 28975#0: *211 FastCGI sent in stderr: "PHP message: PHP Warning: require_once(plugins/facturacion_base/model/core/agencia_transporte.php): failed to open stream: No such file or directory in /data/nginx/html/xxxxx.xxx/contabilidad/plugins/facturacion_base-master/model/agencia_transporte.php on line 21
PHP message: PHP Fatal error: require_once(): Failed opening required 'plugins/facturacion_base/model/core/agencia_transporte.php' (include_path='.:/usr/share/php:/usr/share/pear') in /data/nginx/html/xxxxx.xxx/contabilidad/plugins/facturacion_base-master/model/agencia_transporte.php on line 21" while reading response header from upstream, client: X.X.X.X, server: xxx.xxxxx.xxx, request: "GET / HTTP/1.1", upstream: "fastcgi://127.0.0.1:9000", host: "xxx.xxxxx.xxx"

Tener en la carpeta plugins un plugin llamado facturacion_base-master indica que o bien has intentado actualizar el plugin facturacion_base manualmente, descargando el plugin de github y lo has añadido al panel de control (ya nos hemos encontrado algunos casos) o bien tu servidor ha tardado más de 30 segundos en descargar una simple actualización de 1MB y el proceso de actualización ha fallado. No tenemos el actualizador preparado para casos así.

Elimina el plugin y actualiza de forma normal, o bien elimina también facturacion_base y vuelve a instalarlo desde la pestaña descargas del panel de control.

Sin poder acceder vía web... ¿sabrías decirme qué he de borrar exactamente para no liarla? Porque imagino que metiéndole rm a algo servirá.

Debes poder acceder vía web. Tan sólo accede a http://donde-tengas-facturascripts/index.php?page=admin_home
Pero si no puedes elimina el plugin facturacion_base-master de la carpeta plugins.