Lo primero es tener claro qué es el núcleo y qué es un plugin:
- Los plugins van en la carpeta plugins.
- El núcleo es todo lo que no va en la carpeta plugins.
En tu caso, puedes comprobar que los archivos que has modificado están en plugins/facturacion_base. Si lees
la documentación, verás que lo correcto es copiar los archivos que vayas a modificar a un nuevo plugin, y activarlo. De este modo las actualizaciones no eliminarán tus cambios.
Es decir:
- No has modificado nada del núcleo, así que puedes actualizarlo sin problemas.
- Los cambios que hayas hecho a facturacion_base muévelos a un nuevo plugin.
- Y ya puedes actualizar todo sin problemas.