Hola Javier,
antes de realizar ninguna acción realiza una copia de seguridad si ya tienes archivos añadidos.
Después puedes descargar la ultima versión del plugin en esta dirección:
https://github.com/FacturaScripts/documentos_facturas/archive/master.zip
Cuando te lo bajes renombra el archivo de master.zip a documentos_facturas.zip y lo instalas de forma manual en tu facturascripts.
Desconozco si la nueva versión realiza la conversión de las tablas en la actualización o se debe realizar el cambio a mano.
Pruebalo y nos cuentas, un saludo.