FacturaScripts 2018 va está usando de serie BootStrap 4.
Puedes probar a en los archivos view/header.html cambiar los css/js que necesita BootStrap 3 por los de BootStrap 4, pero no creo que esto sea suficiente para que funcione 100% igual y correctamente. Aquí te puedes hacer una idea de lo que hay que cambiar para migrar:
https://getbootstrap.com/docs/4.0/migration/
Por lo poco que he podido curiosear en los cambios de BS4, han cambiado bastantes más cosas, se ha añadido soporte para Flexbox y muchas clases se han renombrado, así que necesitarías retocar en todas las vistas las partes que no se comporten de forma adecuada.
Sinceramente, no creo que valga la pena dedicarle ese esfuerzo, cuando en unos pocos meses la nueva versión de FS ya lo usará de serie. Por si te quieres ir haciendo una idea de los cambios: